Биткойн был создан физическим или юридическим лицом под псевдонимом Сатоши Накамото, который заявил, что его целью было создание виртуального платежного средства, свободного от таких учреждений, как центральные банки и правительства. Официальный веб-адрес проекта «bitcoin.org» был зарегистрирован в августе 2008 года, а в октябре Накамото опубликовал документ с описанием системы в списке рассылки, специализирующемся на криптологии. Описательный документ назывался «Биткойн: система электронных денег в одноранговой сети»
(Биткойн: система электронных денег в одноранговой сети). Он включал описание системы публичного реестра, основанной на технологии блокчейн и криптографии с открытым ключом, которая позволяла бы осуществлять платежи в виртуальной валюте без централизованного финансового учреждения. Запуск Биткойн начался 3 января 2009 года, когда был добыт первый блок системы, позже известный как блок Genesis.
Первый перевод биткойнов состоялся 12 января 2009 года, когда Хэл Финни, американский разработчик программного обеспечения, специализирующийся на криптографии, получил биткойны от Накамото. Первый обмен биткойнов на официальную валюту был произведен в 2009 году студентом финского университета Мартти Мальми, который обменял 5000 биткойнов на пять долларов. Реальные продукты впервые были куплены за биткойны в мае 2010 года, когда разработчик программного обеспечения из Флориды купил две пиццы за 10 000 биткойнов.
Накамото отказался от разработки проекта биткойнов в декабре 2010 года, оставив проект с открытым исходным кодом для разработки сообществом добровольцев. Личность Накамото остается неизвестной, и, по оценкам, он владеет до миллиона биткойнов.